Sector BI
In het najaar van 1941 werd begonnen met de bouw van de eerste 30 stenen barakken. Er werd gebruik gemaakt van de bakstenen van de in de naburige dorpen gesloopte huizen, toebehorend aan de geëvacueerde Polen. Vanaf de lente 1942 werd er in sector BI ook begonnen met de montage van houten Duitse veldstallen, die naar Birkenau gebracht werden in de vorm van geprefabriceerde elementen. In de eerste sector (BIb) in maart 1942 werden de mannen ondergebracht, in de tweede sector (BIa) – in augustus 1942 – de vrouwen. Vanaf juli 1943 werd sector BI in zijn geheel een vrouwenkamp.
Sector BII
Sector BII omvatte zeven kampen (BIIa-g). Zij werden in de jaren 1943-1944 in gebruik genomen.
BIIa, het quarantaine-kamp voor mannen
Hier verbleven nieuw aangekomen mannen gedurende een enkele weken durende quarantaine. Het doel was om de nieuw aangekomen gevangenen te terroriseren en hen kennis te laten maken met de in het kamp geldende regels. Het functioneerde vanaf augustus 1943.
BIIb, het zog. gezinskamp voor Joden uit het getto in Theresienstadt (Familienlager Theresienstadt)
Het werd in september 1943 ingericht en de Duitsers hielden in dit kamp bijna 18.000 Joden uit het getto in Theresienstadt vast. De van hieruit door de gevangenen gecensureerde correspondentie met een van bovenaf dirigeerde inhoud moest de nog in het getto achtergebleven bloedsverwanten om de tuin leiden. De Joden werden hier met hele gezinnen tegelijk ondergebracht. In juli 1944 werd het kamp geliquideerd – SS’ers hebben toen 7.000 personen in de gaskamers vermoord.
BIIc, overgangskamp voor Joodse vrouwen in Hongarije
Het functioneerde vanaf mei 1944. Hier werden vrouwen vastgehouden die op transport naar andere concentratiekampen wachtten, terwijl ze honger leden en blootgesteld waren aan selecties. In oktober 1944 werd het kamp geliquideerd en de daar verblijvende vrouwen werden aan het vrouwenkamp toegevoegd.
BIId, mannenkamp
Het functioneerde vanaf juli 1943 en was bestemd voor arbeidsgeschikte mannen. Een bijzondere status hadden de extra omheinde en geïsoleerde barakken voor de gevangenen van de strafcompagnie en het Sonderkommando.
BIIe, het zog. gezinskamp voor zigeuners (Zigeunerfamilienlager)
Het functioneerde vanaf 1943. De gevangenen waren Sinti en Roma uit meerdere landen, hoofdzakelijk uit Duitsland en Oostenrijk, het Protectoraat Bohemen en Moravië en de bezette Poolse gebieden. Zij woonden in de barakken met hun gehele gezinnen. Het was er overbevolkt, er heerste honger en de sanitaire omstandigheden waren slecht. In augustus 1944 werden de ruim 3.000 zich daar nog bevindende vrouwen, kinderen en mannen door de Duitsers in de gaskamers vermoord. Op het terrein van het kamp had de SS-arts, dr. Josef Mengele, zijn laboratorium waarin hij medische experimenten uitvoerde op tweelingen, mensen die aan dwerggroi leden en personen met verschillende kleuren ogen.
BIIf, ziekenkamp voor mannen
Het functioneerde vanaf juli 1943, was overvol en slecht uitgerust. Er waren de volgende afdelingen: een chirurgisch, interne, dermatologische afdeling en een afdeling voor besmettelijke ziekten. Het beruchtst was blok nr. 12 waarin zieken werden ondergebracht zonder vooruitzicht op beterschap en waar systematisch voor de gaskamers werd geselecteerd.
Sector BIII (het zog. Mexiko)
Met de werkzaamheden rond dit kamp werd in 1943 begonnen en zij werden stilgelegd in de lente van 1944. Vanaf mei 1944 bevond zich hier een overgangskamp voor Jodinnen uit Hongarije. In het niet afgebouwde kamp, onder slecht omstandigheden, vaak in de open lucht, verbleven hier enkele duizenden Joodse vrouwen. In oktober werd het kamp geliquideerd en de nog in leven zijnde vrouwen werden naar het vrouwenkamp overgebracht.